Ayçiçeği bitkisinde ısı şoku proteini ve ısı şoku faktörü genlerinin özelliklerinin incelenmesi
Loading...
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Type
doctoralThesis
Access
info:eu-repo/semantics/openAccess
Publication Status
Metrikler
Total Views
3
Total Downloads
3
Abstract
Isı şoku proteinleri (Hsp) canlıların gelişimini ve canlılığını sürdürebilmesi için hayati öneme
sahip protein ailesidir. Yüksek sıcaklık, tuzluluk, kuraklık gibi abiyotik stres koşulları
karşısında bu proteinlerin ekspresyon seviyeleri artmaktadır. Bu çalışmada ayçiçeği
bitkisindeki ısı şoku proteinleri (Hsp) ve ısı şoku faktötleri (HSF) gen aileleri biyoinformatik
analizler ile belirlenmiş ve incelenmiştir. Ayrıca belirlenen bu genlerin, ayçiçeği çeşitlerinde
yüksek sıcaklık, kuraklık ve yüksek sıcaklık-kuraklık kombine stres koşulları altında gen ifade
analizleri yapılmıştır. Ayçiçeği genomunda HSF ailesine ait 88 gen, sHsp gen ailesine ait 72
gen, Hsp40 ailesine ait 192 gen, Hsp60 ailesine ait 52 gen, Hsp70 ailesine ait 85 gen, Hsp90
ailesine ait 49 gen ve Hsp100 ailesine ait 148 gen tespit ve analiz edilmiştir. Proteinlere ait
motif yapılarının aynı filogenetik ağaçta yer alan proteinler için benzer olduğu belirlenmiştir.
Proteinlere ait üç boyutlu yapı tahminlemesinde HansHsp hariç, tamamında α-sarmal yapının
baskın olduğu gözlenmiştir. Gen ontoloji analizinde Hsp genlerinin çoğunlukla bağlanma
moleküler fonksiyonuna sahip olduğu; hücresel ve metabolik süreçlerde görev aldığı ve
hücrenin sitozol ve organeller olmak üzere birçok bölgesinde yer aldığı saptanmıştır. Yüksek
sıcaklık, kuraklık ve yüksek sıcaklık-kuraklık kombine stres koşullarında 0.; 0,5.; 1. ve 2.
saatlerde toplanan yaprak örneklerinin gen ifade seviyelerine gerçek zamanlı PZR ile
bakılmıştır. Stres koşullarında genellikle ilk yarım ve birinci saatlerde gen ifadelerinde artış
görülmüştür. HanHSF-45 ve HanHsp70-29 genleri ifadelerinin, hem yüksek sıcaklık hem de
yüksek sıcaklık-kuraklık kombine stres koşullarında çalışılan her iki ayçiçeği çeşidinde de
artış gösterdiği ve bu streslere karşı potansiyel markör genler olabileceği düşünülmektedir.
Çalışmamız, hayati bir öneme sahip olan ısı şoku faktörü ve ısı şoku proteinlerinin yapısının,
organizasyonunun, evriminin ve gen ifade analizlerinin anlaşılması açısından önem arz
etmektedir. Ayrıca gelecekte yaşanması muhtemel tarım ürünleri ile ilgili problemlere karşı
yeni bakış açıları kazandıracaktır.
Date
2022-07
Publisher
Fen Bilimleri Enstitüsü
Description
Keywords
Helianthus annuus L., Hsp (Isı şoku proteini), HSF (Isı şoku faktörü), genom çapında tarama, biyoinformatik analiz, gen ekspresyonu