Browsing by Author "Yer, Esra Nurten"

Now showing 1 - 7 of 7

Eskişehir Orman Fidanlığı Koşullarında Yetiştirilen Çıplak Köklü Toros Sediri ve Anadolu Karaçamı Fidanlarının Gelişim Dönemleri
(Kastamonu Üniversitesi Orman Fakültesi Dergis, 2011-10-17) Yer, Esra Nurten; Ayan, Sezgin
Bu çalışmada, Eskişehir Orman fidanlığı koşullarında yetiştirilen farklı orijinlere ait 1+0 ve 2+0 yaşlı çıplak köklü fidanlarda rutin yetiştirme işlemleri sonucu; “Kuru madde değişim” yöntemiyle “fidan gelişim dönemleri” belirlenmiştir. Fidanlar, özel herhangi bir işleme tabi tutulmadan normal yetişme/yetiştirme koşulları altında; ilk gelişme, hızlı gelişme, duraklama, odunlaşma ve gerçek durgunluk dönemlerinin yılın hangi dönemiyle örtüştüğü incelenmiştir. Fidanlık koşullarına ve türe özgü gelişim evrelerinin tespitiyle; uygun gübreleme ve sulama rejimleri, kök kesimi, seyreltme, ot alma zamanı ve söküm gibi kültürel işlemler için en uygun zamanın belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma sonucuna göre; 2+0 yaşlı Toros Sediri fidanları için fidan gelişim dönemleri; Mart başı - Nisan ortası durgunluktan çıkış dönemi, Mayıs ayı başı – Temmuz ayı başı gelişme ve hızlı gelişme dönemi, Temmuz ayı sonu - Ağustos ayı ortası yavaşlama dönemi, Eylül ayı ortasından itibaren odunlaşma dönemine girdiği tespit edilmiştir. 2+0 yaşlı, Anadolu karaçamı fidanları için fidan gelişim dönemleri; Mart başı - Nisan ortası durgunluktan çıkış dönemi, Mayıs başı - Temmuz sonu gelişme ve hızlı gelişme dönemi, Ağustos ayının ortasından itibaren ve Kasım ayı başına kadar yavaşlama ve odunlaşma dönemini geçirmişlerdir. 1+0 yaşlı Anadolu karaçamı fidanları ise; Mayıs ayı ortası - Haziran ayı ortası fidecik dönemi, Temmuz ayı başı – Ağustos ayı ortası gelişme ve hızlı gelişme dönemi, Eylül ayı ortası ve Ekim ayı sonu yavaşlama ve odunlaşma dönemi olarak fidan gelişim dönemleri belirlenmiştir
Eskişehir orman fidanlığındaki çıplak köklü ve tüplü bazı orman ağacı fidanlarında fidan gelişim dönemlerinin belirlenmesi
(Kastamonu Üniversitesi, 2011) Yer, Esra Nurten
Bu çalışmada, Eskişehir Orman fidanlığı koşullarında yetiştirilen farklı orijinlere ait 1+0 ve 2+0 yaşlı tüplü ve çıplak köklü fidanlarda rutin yetiştirme işlemleri sonucu; “Kuru madde değişim” yöntemiyle “fidan gelişim dönemleri” belirlenmiştir. Fidanlar, özel herhangi bir işleme tabi tutulmadan normal yetişme/yetiştirme koşulları altında; ilk gelişme, hızlı gelişme, duraklama, odunlaşma ve gerçek durgunluk dönemlerini yılın hangi döneminde gerçekleştirdiği araştırılmıştır. Fidanlık koşullarına ve türe özgü gelişim evrelerinin tespitiyle; uygun gübreleme ve sulama rejimleri, kök kesimi, seyreltme, ot alma zamanı ve söküm gibi kültürel işlemler için en uygun zamanın belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma sonucunda: 2+0 yaşlı, çıplak köklü Anadolu Karaçamı, Ahırdağı ve Tota orijinlerinin ve Toros Sediri Kapıdağ orijinli fidanlarının yarı kurak bölge ağaçlandırmaları için uygun olduğu belirlenmiştir. Bunun yanında nemli bölge ağaçlandırmaları için en uygun Anadolu karaçamı orijininin 2+0 yaşlı Sarıçiçek orijini olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, çalışma sonucunda Ahırdağı orijinli 1+0 yaşlı Anadolu karaçamı fidanlarının açık alanda 7,93 cm boy ve 1,03 mm kök boğazı çapına sahipken serada yetiştirilen aynı orijinli tüplü fidanlarda fidan boyunun 23,42 cm boy ve 4,4 mm kök boğazı çapına sahip olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, çalışmada kök kesimi ve seyreltme işleminin fidan kalitesine etkileri belirlenmiştir
Genome-wide identification and comparative expression analysis of genes in watermelon and melon genomes.
(2017-01-01T00:00:00Z) Celik Altunoglu, Yasemin; Baloglu, Mehmet Cengiz; Baloglu, Pinar; Yer, Esra Nurten; Kara, Sibel
Late embryogenesis abundant (LEA) proteins are large and diverse group of polypeptides which were first identified during seed dehydration and then in vegetative plant tissues during different stress responses. Now, gene family members of LEA proteins have been detected in various organisms. However, there is no report for this protein family in watermelon and melon until this study. A total of 73 genes from watermelon () and 61 genes from melon () were identified in this comprehensive study. They were classified into four and three distinct clusters in watermelon and melon, respectively. There was a correlation between gene structure and motif composition among each LEA groups. Segmental duplication played an important role for gene expansion in watermelon. Maximum gene ontology of genes was observed with poplar genes. For evaluation of tissue specific expression patterns of and genes, publicly available RNA-seq data were analyzed. The expression analysis of selected genes in root and leaf tissues of drought-stressed watermelon and melon were examined using qRT-PCR. Among them, --- genes were quickly induced after drought application. Therefore, they might be considered as early response genes for water limitation conditions in watermelon. In addition, -- genes were found to be up-regulated in both tissues of melon under drought stress. Our results can open up new frontiers about understanding of functions of these important family members under normal developmental stages and stress conditions by bioinformatics and transcriptomic approaches.
Identification and expression profiling of all Hsp family member genes under salinity stress in different poplar clones.
(2018-12-15T00:00:00Z) Yer, Esra Nurten; Baloglu, Mehmet Cengiz; Ayan, Sezgin
Heat shock proteins (Hsps) play a key role for regulation of the changes during different stress conditions including salinity, drought, heavy metal and extreme temperature. Molecular based studies on the response mechanisms of forest trees to abiotic stresses started in 2006 when Populus trichocarpa genome sequence was completed as a model tree species. In recent years, bioinformatic analyzes have been carried out to determine functional gene regions of tree species. In this study, sHsp, Hsp40, Hsp60, Hsp90 and Hsp100 gene family members were identified in poplar genome. Some bioinformatics analyses were conducted, such as: identification of DNA/protein sequences, chromosomal localization, gene structure, calculation of genomic duplications, determination of phylogenetic groups, examination of protected motif regions, identification of gene ontology categories, modeling of protein 3D structure, determination of miRNA targeting genes, examination of sHsp, Hsp40, Hsp60, Hsp90 and Hsp100 gene family members in transcriptome data during salinity stress. As a result of bioinformatic analyzes made on P. trichocarpa genome; 60, 145, 49, 34, 12 and 90 genes belonging to members of sHsp, Hsp40, Hsp60, Hsp70, Hsp90 and Hsp100 protein families were firstly defined within the scope of this study. A total of 390 genes belonging to all Hsps gene families were characterized using different bioinformatics tools. In addition, salinity stress was applied to Populus tremula L. (Samsun) naturally grown in Turkey, Hybrid poplar species I-214 (Populus euramericana Dode. Guinier) and Black Poplar species (Populus nigra L.), Geyve and N.03.368.A clones. The expression levels of the selected Hsps genes were determined by the qRT-PCR method. After salt stress application in various poplar clones, expression levels of genes including PtsHsp-11, PtsHsp-21, PtsHsp-36, PtHsp40-113, PtHsp40-117, PtHsp60-31, PtHsp60-33, PtHsp60-38, PtHsp60-49, PtHsp70-09, PtHsp70-12, 33, PtHsp90-09, PtHsp90-12, PtHsp100-21, and PtHsp100-75 were increased. The role of the Hsps genes during salt stress has been revealed. Together with detailed bioinformatics analyses, gene expression analysis greatly contributes to understand functions of these gene family members. This research serves as a blueprint for future studies and offers a significant clue for the further study of the functions of this important gene family. Moreover, determined genes in this study can also be used for cloning studies in agricultural practices.
ISI ŞOKU PROTEİN GENLERİNİN (HSP) BAZI POPULUS TAKSONLARINDA FONKSİYONEL GENOM ANALİZİ VE ABİYOTİK STRES KOŞULLARINDA HSP GENLERİNİN İFADE SEVİYELERİNİN BELİRLENMESİ
(Fen Bilimleri Enstitüsü, 2017) Yer, Esra Nurten
Isı şoku proteinleri (Hsps: Heat Shock Proteins), canlı organizmalarda bulunan bir grup protein ailesidir ve aynı zamanda stres proteinleri olarak da isimlendirilmektedir. Isı şoku protein genleri stres anında (tuzluluk, kuraklık, ağır metal ve ekstrem sıcaklık vb.) değişimlerin düzenlenmesinde anahtar bir rol üstlenmektedir. Orman ağaçlarının abiyotik streslere cevap mekanizmalarına ilişkin moleküler temelli çalışmalar; 2006 yılında model ağaç türü olarak genom sekansı tamamlanan “Populus trichocarpa” türü üzerinde başlatılmıştır. Son yıllarda türe ait fonksiyonel gen bölgelerini belirleyici biyoinformatik analizler yapılmaktadır. Bu tez çalışması iki bölümden oluşmaktadır. İlk bölümde; Hsps ailelerinden oluşan tüm Hsp (sHsp, Hsp40, Hsp60, Hsp70, Hsp90 ve Hsp100) protein ailesi üyelerinin biyoinformatik yöntemler kullanılarak tanımlanması, kromozomlar üzerinde dağılımı, tandem ve segmental duplikasyonların hesaplanması, filogenetik analizleri, gen yapısı tahmini, korunmuş motif bölgelerinin çıkarılması, gen ontoloji kategorilerinin oluşturulması, proteinlerin üç boyutlu modellenmesi, miRNA hedef genlerinin tespit edilmesi ve diğer bitki türlerinde bulunan Hsps proteinleri ile karşılaştırılması hedeflenmiştir. P. trichocarpa genomunda yapılan biyoinformatik analizler sonucunda diğer; sHsp, Hsp40, Hsp60, Hsp70, Hsp90 ve Hsp100 gen ailesi üyelerine ait sırasıyla 60, 145, 49, 34, 12 ve 90 adet gen ilk olarak bu tez kapsamında tanımlanmıştır. Bu çalışmada tüm Hsps gen ailelerine ait toplamda 390 adet gen tanımlanmıştır. Biyoinformatik yaklaşımlar ile de abiyotik streslere karşı direnç mekanizmasının genetik yolakları belirlenebilmektedir. Tez çalışmasının ikinci bölümde ise; veri tabanlarında bulunan transkriptom verileri kullanılarak (RNASeq ve Mikroarray) Hsps v proteinlerini kodlayan genlerin ifade seviyeleri araştırılmıştır. Gen ifade seviyelerinin artmış olması; tespit edilen genin (ifadesi artan gen) metabolizmayı strese karşı koruyucu bir molekül gibi davranması şeklinde düşünülebilir. Ayrıca, kavak tür/klonlarında belirlenen Hsps genlerinin kuraklık, tuzluluk ve kadmiyum stresi altında ifade seviyeleri kavak taksonlarının yaprak dokuları kullanılarak qRT-PZR (eş zamanlı PZR) yöntemi ile incelenmiştir. Böylece bu önemli gen ailesinin fonksiyonlarının çözümlenmesi ve belirlenen streslere karşı direnç gösteren kavak taksonlarının tespiti amaçlanmıştır. Sonuç olarak; Kuraklık stresi için; PtHsp70-25 ve PtHsp70-33 genlerinin stres koşullarında sadece dayanıklı klon için yüksek ifade olduğu ve bitkiyi strese karşı koruyucu bir rol üstelendiği söylenebilir. PtHsp70-16 ve PtHsp70-26 genlerinin ise hem hassas (Klon A: N.03.368A) hem de dayanıklı (Klon B: N.62.191) klonda strese bağlı gen ifade düzeyleri yüksek olarak belirlenmiştir. Bu nedenle özellikle bu genlerin kuraklık stresine cevapta kilit bir rol üstlendiği ifade edilebilir. Tuzluluk stresi için; PtsHsp-11, PtsHsp-21, PtsHsp-36, PtHsp40-113, PtHsp40-117, PtHsp60-31, PtHsp60-33, PtHsp60-38, PtHsp60-49, PtHsp70-09, PtHsp70-12, PtHsp70-25, PtHsp70-33, PtHsp90-09, PtHsp90-12, PtHsp100-21 ve PtHsp100-75 genlerinin ifade seviyesinin arttığı belirlenmiştir. Kadmiyum stres koşullarında ise; PtsHsp-44, PtsHsp-54, PtHsp40-117, PtHsp60-06, PtHsp60-12, PtHsp70-21, PtHsp70-28, PtHsp90-02, PtHsp90-10, PtHsp90-12, PtHsp100-22 ve PtHsp100-71 genlerinin anlatım seviyelerinin yüksek olduğunu tespit edilmiştir. Ayrıca çalışmada; kavak taksonlarında en yüksek kadmiyum birikiminin görüldüğü dokunun kök olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması ile; bitkilerde stres toleransını geliştirmeye yönelik daha sonraki çalışmalarda kullanılabilecek klonlama ve fonksiyonel analizler için yeni imkanlar sağlanması öngörülmüştür. Bu sayede bitkiler de stres ile ilgili moleküler mekanizmalar hakkında ön bilgiler edinilmiş olup ve bu da yeni projelerin üretilmesine olanak sağlayacaktır. Sonuç olarak bu genom analizinin tanımlanması ile hızlı gelişen ve Türkiye odun hammaddesi açığının kapatılmasında önemli bir tür olan kavak için; strese karşı toleransın geliştirilmesi açısından ve genom analizleri tamamlanan diğer orman ağaçları için de gelecek çalışmalara yeni bir perspektif sağlanacaktır.
Orman Gen Kaynakları ve Kastamonu Ormanları
(Kastamonu’nun Doğal Zenginlikleri Sempozyumu, Bildiriler Kitabı-CD, s.155-160, 16-17 Ekim 2012. Kastamonu., 2012) Ayan, Sezgin; Yer, Esra Nurten
Biyolojik kaynakların korunması ve koruma öncelikli kullanımı, Dünya ve Türkiye gündeminde önemi gün geçtikçe artan bir konudur. Özellikle Türkiye, coğrafi köprü özelliği ve dünya üzerinde kabul gören bitki gen merkezleri üzerinde yer alması nedenleriyle tür / genetik çeşitliliğin korunması açısından yüksek potansiyele sahiptir. Bu çalışmada, Milli Ağaç Islahı Programında ayrılması hedeflenen Gen Koruma Ormanlarının (GKO) bölgelere dağılımı, sayı, vüsat, tür, ideal alan miktarı bazında değerlendirilip, Türkiye geneli yanında Kastamonu özeli açısından değerlendirmeler yapılmıştır. Türkiye’de tescilli toplam 737 GKO ve Tohum Meşceresi (TM) orman gen kaynağının, 27 Orman Bölge Müdürlüğüne dağılımına bakıldığında; Kastamonu Orman Bölge Müdürlüğü sahip olduğu 51 (34 GKO, 17 TM) orman gen kaynağı ile ilk sırada yer almaktadır. Sayı bakımından sahip olduğu orman gen kaynaklarının 5’i iğne yapraklı (Pinus sylvestris, P. nigra subsp. pallasiana var. pyramidata, P. brutia, Abies nordmanniana subsp. bornmülleriana, Pseudotsuga menziessi) ve 8’i geniş yapraklı (Populus tremula, Ostrya carpinifolia, Platanus orientalis, Prunus avium, Castanea sativa, Fagus orientalis, Quercus petreae, Fraxinus angustifolia) olmak üzere 13 farklı takson ile yine tür çeşitliliği açısından da Türkiye’de en çok tescili yapılan orman kaynağına sahiptir. Bu taksonlar arasında Gen Koruma Ormanı olarak; Populus tremula, Ostrya carpinifolia, Platanus orientalis ve Fraxinus angustifolia sadece Kastamonu Orman Bölge Müdürlüğü sınırları içerisinde temsil edilmektedi
Orman Gen Kaynakları ve Kastamonu Ormanları
(Kastamonu’nun Doğal Zenginlikleri Sempozyumu, Bildiriler Kitabı-CD, s.155-160, 16-17 Ekim 2012. Kastamonu., 2012) Ayan, Sezgin; Yer, Esra Nurten
Biyolojik kaynakların korunması ve koruma öncelikli kullanımı, Dünya ve Türkiye gündeminde önemi gün geçtikçe artan bir konudur. Özellikle Türkiye, coğrafi köprü özelliği ve dünya üzerinde kabul gören bitki gen merkezleri üzerinde yer alması nedenleriyle tür / genetik çeşitliliğin korunması açısından yüksek potansiyele sahiptir. Bu çalışmada, Milli Ağaç Islahı Programında ayrılması hedeflenen Gen Koruma Ormanlarının (GKO) bölgelere dağılımı, sayı, vüsat, tür, ideal alan miktarı bazında değerlendirilip, Türkiye geneli yanında Kastamonu özeli açısından değerlendirmeler yapılmıştır. Türkiye’de tescilli toplam 737 GKO ve Tohum Meşceresi (TM) orman gen kaynağının, 27 Orman Bölge Müdürlüğüne dağılımına bakıldığında; Kastamonu Orman Bölge Müdürlüğü sahip olduğu 51 (34 GKO, 17 TM) orman gen kaynağı ile ilk sırada yer almaktadır. Sayı bakımından sahip olduğu orman gen kaynaklarının 5’i iğne yapraklı (Pinus sylvestris, P. nigra subsp. pallasiana var. pyramidata, P. brutia, Abies nordmanniana subsp. bornmülleriana, Pseudotsuga menziessi) ve 8’i geniş yapraklı (Populus tremula, Ostrya carpinifolia, Platanus orientalis, Prunus avium, Castanea sativa, Fagus orientalis, Quercus petreae, Fraxinus angustifolia) olmak üzere 13 farklı takson ile yine tür çeşitliliği açısından da Türkiye’de en çok tescili yapılan orman kaynağına sahiptir. Bu taksonlar arasında Gen Koruma Ormanı olarak; Populus tremula, Ostrya carpinifolia, Platanus orientalis ve Fraxinus angustifolia sadece Kastamonu Orman Bölge Müdürlüğü sınırları içerisinde temsil edilmektedir.