Isı Şoku Protein Ailesinden Hsp70 Genlerinin Okaliptüs Genomunda Saptanması ve Karakterizasyonu

Abstract

Isi soku proteinleri (Heat shock proteins: Hsp), bircok canlida hucre buyumesi ve canliliginin devami icin kritik oneme sahiptir. Hsp70 proteinleri, Hsp’lerin bir sinifidir ve yeni sentezlenmis veya yanlis katlanmis proteinlerin katlanmasinda, bir araya gelerek cokmesinin engellenmesinde, membran boyunca tasinmasinda ve duzenleyici proteinlerin aktivitesinin kontrolunde rol alirlar. Okaliptus ( Eucalyptus grandis ), evrimsel ve ekolojik durumu ve marjinal bolgelere uyum yetenekleri sebebiyle cok yillik bitkilerin biyolojisi ve evrimi hakkinda onemli bilgilere ulasilmasini saglayabilecek onemli bir bitkidir. Tum genom dizisi cikarilan okaliptuste Hsp proteinleri henuz belirlenmemistir. Bu amacla, bu onemli bitkide biyoinformatik araclar kullanilarak 21 adet Hsp70 geni ( EgHsp70 ) tanimlanmistir. En fazla EgHsp70 geni (7 adet) 10. okaliptus kromozomu uzerinde bulunurken 1, 2, 4 ve 11. kromozomlarda bu genlere rastlanmamistir. Evrimsel iliskilerini tespit etmek amaciyla belirlenen proteinler icin filogenetik agac olusturulmustur. Bu agaca gore EgHsp70 proteinleri 5 ayri sinifa ayrilmis ve ayni sinifta yer alan proteinlerin gen yapisinin benzer ekzon-intron organizasyonuna sahip oldugu gorulmustur. Okaliptus Hsp70 proteinlerinin tahmini molekuler fonksiyon sekli, baglanma aktivitesi olurken, biyolojik islevlerinin ise organizmaya ozgu ve metabolik islevlerdeki rolleri oldugu belirlenmistir. Hucrede en cok yerlesim gosterdikleri yerler organel, hucre ici veya hucre bolumu kisimlari olurken, tahmini sekonder yapilarinda siklikla α-heliks zincirlerinin bulundugu ve bu proteinlerin tamaminin asidik karakterde (pI<7) oldugu gozlenmistir. Calisma, EgHsp70 genlerinin fonksiyonlarinin calisilmasi icin sonraki calismalara isik tutucu niteliktedir ve farkli turlerde Hsp70 genlerinin evriminin anlasilmasina onemli katkilar saglayabilir.