Akciğer Adenokarsinomunda Rassf1a Geni Promotör Metilasyon Düzeyinin Belirlenmesi

Abstract

Kanserde tanımlanan ilk epigenetik değişimler DNA metilasyon profilindeki değişikliklerdir ve bu değişiklikler kanserin başlamasında ve ilerlemesinde önemli rol oynamaktadır. DNA promotör hipermetilasyonu akciğer tümörogenezinin oluşumunda etkili görünmektedir. Metilasyon akciğer kanserlerinde erken gerçekleşen bir olaydır. RASSF1A tümör supresör geni hipermetilasyonu insan kanserlerinin birçok tipinde en sık rastlanılan metilasyon türüdür. Akciğer tipi adenokarsinom gelişmiş ülkelerde ilk sırada yer alır. Akciğer kanserindeki en önemli sorunlardan biri adenokarsinom sıklığıdır ve ölümler genellikle uzak metastaz nedeniyle olduğu için asemptomatik dönemde yakalanması önem kazanmaktadır. Evre I akciğer adenokarsinomu olan hastaların prognozu için RASSF1A hipermetilasyonu yararlı bir makromolekül olarak görünmektedir.Bugüne kadar yapılan bazı çalışmalarda akciğer adenokarsinomundaki birçok genin promotör metilasyon düzeyi belirlenmiştir.Ancak ülkemizde akciğer adenokarsinomundaki RASSF1A genin promotör metilasyon düzeyini inceleyen çalışma olmayıp, bu çalışma yapılacak ilk çalışma olacaktır. RASSF1A geni promotör metilasyonun akciğer adenokarsinomunda yüksek tespit edilmesi durumunda, prognoz için biyomarkır olarak hizmet edebilme ihtimali söz konusu olabilecektir. Biz bu çalışmada RASSF1A geninin promotör bölge metilasyon durumunu İstanbul Bilim Üniversitesi Gayrettepe Florence Nightingale Hastanesi Patoloji bölümü arşivinde bulunan parafine gömülü akciğer adenokarsinomlu 30 kişiye ait tümör dokusu ve 30 kontrol dokusunda DNA izolasyonunu takiben MALDI-TOF yöntemiyle belirleyeceğiz. DNA izolasyonunu takiben, metilasyon çalışması için Bisülfit uygulaması yapılacaktır. İndüklenen dizi değişiklikleri korunarak T7-promoter tag içeren primerler ile PCR amplifikasyonu gerçekleştirilip, SAP (shrimp alkaline phosphatase) uygulamasından sonra ,enzimatik baz spesifik bölünmeye tabi tutulacak transkripti oluşturmak için in vitro transkripsiyon gerçekleştirilecektir. Bisülfit uygulamasıyla meydana gelen dizi farkından dolayı, fragmentler farklı boyut ve kütlede olacaklardır. Analiz edilen fragmentlerin kütleleri MALDI-TOF MS ile belirlenerek EpiTYPER yazılımı ile otomatik olarak raporlanacaktır.