Anadolu Karaçamı (Pinus Nigra J.F. Arnold. Subsp. Pallasiana (Lamb.) Holmboe) Fidanlarında Kuraklık Stres Genlerinin Global Transkriptom Profillerinin İncelenmesi

Abstract

Gelişen omiks ve biyoteknolojik yaklaşımlar orman ağaçlarının abiyotik stres yolaklarının belirlenmesine imkan sağlamaktadır. Son yıllarda genom dizileme çalışmaları, yeni nesil dizileme teknolojileri (NGS) ile birçok orman ağacında genomun yapısal düzeyde aydınlatılmasını sağlamıştır. NGS teknolojilerinin kullanılması RNA tabanlı transkriptom analizlerinin abiyotik stres durumunda organizmadaki hücresel yanıt mekanizmalarının ve genlerin işlevsel fonksiyonlarının moleküler temelde anlaşılmasını sağlamaktadır. Global Transkriptom profillemesi stres toleransının belirlenmesinde görev alan transkriptlerin karakterizasyonuna, RNA-Seq kütüphanelerinin hazırlanmasına ve gen ifade farklılıklarının doğrulanmasına imkan tanıyan sistem biyolojisinin önemli bir dalını oluşturmaktadır. Proje materyali olarak seçilen Anadolu Karaçamı Pinus nigra J.F. Arnold. subsp. pallasiana (Lamp.) Holmboe Türkiye’de Meşe (Quercus sp.) ve Kızılçam’dan (Pinus brutia Ten) sonra üçüncü en büyük yetişme alanına sahip olan ve ekonomik açıdan da önemli bir yeri olan ağaç türlerimizden biridir. Ayrıca Türkiye’nin farklı ekolojik bölgelerinde ağaçlandırma faaliyetlerinde sıklıkla kullanılabilen özel bir türdür. Proje çalışması kapsamında; karaçam türüne ait orjin denemelerinin sonuçları ve yapılmış fizyolojik/biyokimyasal analiz sonuçları incelenerek kuraklığa dayanıklı Anadolu Karaçamı M.KemalPaşa orjini çalışma materyali olarak seçilmiştir. Projede genom düzeyinde Anadolu Karaçamı kök ve ibre dokusunda kuraklık stresi ile ilişkili global transkript veri setinin oluşturulması, biyoinformatik analiz yöntemleri ile yorumlanması ve stres mekanizması ile ilişkili genlerin RT-PZR ile doğrulanması hedeflenmiştir.