Browsing by Author "Yasemin ÇELİK ALTUNOĞLU"

Now showing 1 - 5 of 5

Determination of PER-1 and OXA-10-like ExtendedSpectrum Beta-Lactamases Frequency in CeftazidimeResistant Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated in Kastamonu Training and Research Hospital, Turkey
(2022-03-01) Sarah AKAR; Mehmet Cengiz BALOĞLU; Nilay ÇÖPLÜ; Yasemin ÇELİK ALTUNOĞLU; Enis Fuat TÜFEKCİ; Çetin KILINÇ
Introduction: Detecting Pseudomonas aeruginosa strains producing extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) in the hospital setting and taking necessary precautions against them is important for infection control and public health. This study aimed to investigate PER-1 and OXA-10-like ESBLs production frequency in ceftazidime-resistant P. aeruginosa obtained from Kastamonu Training and Research Hospital. Materials and Methods: Forty-two ceftazidime-resistant P. aeruginosa strains from different patients between April 2018 and March 2020 were included in the study. Identification of the strains and antibiotic susceptibility tests were studied according to the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) criteria by VITEK 2 Compact automated system (BioMerieux, France). ESBL production of the strains was studied by combined disk test, phenotypically. The presence of PER-1 and OXA-10-like genes was investigated by polymerase chain reaction (PCR). Confirmation of the PCR product was done using DNA sequencing on an ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Results: The resistance rates of the strains were: 19%, 81%, 88%, 88%, 91%, 95%, and 95% for amikacin, gentamicin, meropenem, cefepime, imipenem, piperacillin-tazobactam, and ciprofloxacin, respectively. Twenty-seven (64%) strains had the ESBL phenotype. Only one strain had PER-1 gene. OXA-10-like gene was not found in any strains. PER-1 sequence was identical and corresponded to the published sequences for PER-1 gene in GenBank at the National Center for Biotechnology Information. Conclusion: These results showed that PER-1 and OXA-10-like genes were not common among ceftazidime-resistant P. aeruginosa strains obtained from our hospital. ESBL production can be determined phenotypically in ceftazidime-resistant P. aeruginosa strains. However, confirming the results with molecular tests is significant for epidemiological studies.
Fagaceae familyasında ısı şoku protein 70 gen ailesinin (Hsp70) tanımlanması ve biyoinformatik analizleri
(2016-04-01) Sezgin AYAN; Mehmet Cengiz BALOĞLU; Esra Nurten YER; Yasemin ÇELİK ALTUNOĞLU
Isı şoku proteinleri (Hsps: Heat Shock Proteins), canlı organizmalarda bulunan bir grup protein ailesidir. Isı şoku protein genleri stres anında örneğin tuzluluk, kuraklık ve ekstrem sıcaklık değişimlerinin düzenlenmesinde anahtar bir rol üstlenmektedirler. Bu proteinler hücresel şaperonlar gibi fonksiyon görürler, protein sentezinde proteinlerin doğru katlanmasında ve taşınmasında rol oynarlar. Hsp70 gen ailesinin moleküler işlevlerine ait bazı çalışmalar yapılmıştır. Fakat Fagaceae familyası (Amerikan kayını, Amerikan kestanesi, Çin kestanesi, Avrupa kestanesi, Japon kestanesi, Meşe, Kırmızı meşe ve Ak meşe) Hsp70 gen ailesinin genom analizi ve gen karakterizasyonuna ait sınırlı çalışma mevcuttur. Bu çalışmada Tanımlanan Hsp70 gen ailesi dizilerinin genomdaki dağılımları, korunmuş motiflerinin tanımlanması ve tahmini üç boyutlu protein yapılarının belirlenmesi hedeflenmiştir. Hsp70 gen ailesine ait Kayın, Meşe ve Kestane'de sırasıyla 13, 17 ve 15 gen tanımlanmıştır. Filogenetik analiz sonucuna göre Hsp70 genleri 3 farklı grup oluşturmuştur. Yapılan motif analizine göre Hsp70 proteinlerinin genom içerisinde (kayın, meşe ve kestanede) nispeten korunduğu görülmüştür. Proteinlerin üç boyutlu modellemesi yapıldığında toplam Fagaceae familyasına ait 13 Hsp70 geni >90% güven düzeyinde test edilmiştir. Bu on üç protein "(FagHsp70-03(%68) / FagHsp70-08(%65) / FagHsp70-09(%71) / FagHsp70-13(%80) / QuerHsp70-03(%65) / QuerHsp70-04(%68) / QuerHsp70-09(%71) / QuerHsp70-14(%77) / CasHsp70-03(%65)/ CasHsp70-04(%67) / CasHsp70-11(%65) / CasHsp70-14(%65) / CasHsp70-15(%61)" data bankta bulunan proteinlerle yaklaşık %65-%80 arasında üç boyutlu homoloji modellemesi göstermiştir. Bu sonuçlar Fagaceae familyasında Hsp70 gen ailesinin karakterizasyonu ve fonksiyonel işlevleri hakkında bilgi sağlamaktadır. Bu çalışma ile bitkilerde stres toleransının geliştirilmesine ait birçok araştırma için yeni bir perspektif sağlanacaktır
Identification of watermelon heat shock protein members and tissue-specific gene expression analysis under combined drought and heat stresses
(2019-02-01) Merve KELEŞ; Mehmet Cengiz BALOĞLU; Yasemin ÇELİK ALTUNOĞLU; Tevfik Hasan CAN
Heat shock protein (Hsp) gene family members in the watermelon genome were identified and characterized by bioinformaticsanalysis. In addition, expression profiles of genes under combined drought and heat stress conditions were experimentally analyzed.In the watermelon genome, 39 genes belonging to the sHsp family, 101 genes belonging to the Hsp40 family, 23 genes belonging to theHsp60 family, 12 genes belonging to the Hsp70 family, 6 genes belonging to the Hsp90 family, and 102 genes belonging to the Hsp100family were found. It was also observed that the proteins in the same cluster in the phylogenetic trees had similar motif patterns. Whenthe estimated 3-dimensional structures of the Hsp proteins were examined, it was determined that the α-helical structure was dominantin almost all families. The most orthologous relationship appeared to be between watermelon, soybean, and poplar in the ClaHsp genefamilies. For tissue-specific gene expression analysis under combined stress conditions, expression analysis of one representative Hspgene each from root, stem, leaf, and shoot tissues was performed by real-time PCR. A significant increase was detected usually at 30min in almost all tissues. This study provides extensive information for watermelon Hsps, and can enhance our knowledge about therelationships between Hsp genes and combined stresses.
Investigation of Metallo-Beta-Lactamase Production in Carbapenem-resistant Clinical Acinetobacter baumannii Isolates
(2022-12-09) Enis Fuat TÜFEKCİ; Anfal ALKATEEB; Çetin KILINÇ; Melike YAŞAR DUMAN; Mehmet Cengiz BALOĞLU; Yasemin ÇELİK ALTUNOĞLU; Nilay ÇÖPLÜ
Introduction: Carbapenem resistance generally emerges from carbapenemase production in Acinetobacter baumannii isolates. It is known that prognosis is adversely affected, and mortality rate increases in infections caused by Metallo-beta-lactamase (MBL) type carbapenemase-producing isolates. This study aimed to investigate MBL production in carbapenem-resistant A. baumannii isolated from inpatients in Kastamonu Training and Research Hospital (TRH), Türkiye. Materials and Methods: A total of 110 non-duplicated carbapenems (imipenem and meropenem) resistant A. baumannii isolates between July 2020 and July 2021 were included in the study. Identification of the isolates was performed by conventional methods, VITEK 2 Compact automated system, and amplification of the OXA-51-like gene region. Antibiotic susceptibility tests were conducted and evaluated with EUCAST criteria using VITEK 2. Carbapenemase production of the isolates was tested using the modified Hodge test. MBL production was screened using imipenem-EDTA double-disc synergy test. The presence of blaIMP, blaVIM, blaGIM, and blaNDM genes was investigated using polymerase chain reaction (PCR) to confirm the MBL production. Results: All isolates were confirmed to be A. baumannii. All isolates were resistant to imipenem, meropenem, ciprofloxacin, and levofloxacin. The susceptibilities to trimethoprim-sulfamethoxazole, tobramycin, amikacin, and gentamicin were 0.9% (n= 1), 1.8% (n= 2), 2.7% (n= 3), and 2.7% (n= 3), respectively. All isolates had carbapenemase activity. However, the MBL phenotype was present in none of the strains. Also, MBL genes were not detected in the isolates. Conclusion: MBL production was not detected in carbapenem-resistant A. baumannii isolates obtained from Kastamonu TRH. Carbapenem resistance in these isolates may be due to the production of non-MBL carbapenemases such as OXA-type carbapenemases.
Isı Şoku Protein Ailesinden Hsp70 Genlerinin Okaliptüs Genomunda Saptanması ve Karakterizasyonu
(2016-11-01) Yasemin ÇELİK ALTUNOĞLU
Isı şoku proteinleri (Heat shock proteins: Hsp), birçok canlıda hücre büyümesi ve canlılığının devamı için kritik öneme sahiptir. Hsp70 proteinleri, Hsp'lerin bir sınıfıdır ve yeni sentezlenmiş veya yanlış katlanmış proteinlerin katlanmasında, bir araya gelerek çökmesinin engellenmesinde, membran boyunca taşınmasında ve düzenleyici proteinlerin aktivitesinin kontrolünde rol alırlar. Okaliptüs (Eucalyptus grandis), evrimsel ve ekolojik durumu ve marjinal bölgelere uyum yetenekleri sebebiyle çok yıllık bitkilerin biyolojisi ve evrimi hakkında önemli bilgilere ulaşılmasını sağlayabilecek önemli bir bitkidir. Tüm genom dizisi çıkarılan okaliptüste Hsp proteinleri henüz belirlenmemiştir. Bu amaçla, bu önemli bitkide biyoinformatik araçlar kullanılarak 21 adet Hsp70 geni (EgHsp70) tanımlanmıştır. En fazla EgHsp70 geni (7 adet) 10. okaliptüs kromozomu üzerinde bulunurken 1, 2, 4 ve 11. kromozomlarda bu genlere rastlanmamıştır. Evrimsel ilişkilerini tespit etmek amacıyla belirlenen proteinler için filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Bu ağaca göre EgHsp70 proteinleri 5 ayrı sınıfa ayrılmış ve aynı sınıfta yer alan proteinlerin gen yapısının benzer ekzon-intron organizasyonuna sahip olduğu görülmüştür. Okaliptüs Hsp70 proteinlerinin tahmini moleküler fonksiyon şekli, bağlanma aktivitesi olurken, biyolojik işlevlerinin ise organizmaya özgü ve metabolik işlevlerdeki rolleri olduğu belirlenmiştir. Hücrede en çok yerleşim gösterdikleri yerler organel, hücre içi veya hücre bölümü kısımları olurken, tahmini sekonder yapılarında sıklıkla ?-heliks zincirlerinin bulunduğu ve bu proteinlerin tamamının asidik karakterde (pI<7) olduğu gözlenmiştir. Çalışma, EgHsp70 genlerinin fonksiyonlarının çalışılması için sonraki çalışmalara ışık tutucu niteliktedir ve farklı türlerde Hsp70 genlerinin evriminin anlaşılmasına önemli katkılar sağlayabilir