Browsing by Author "Kalyoncuoğlu, Elif"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 2 of 2
  • No Thumbnail Available
    Pubmed
    Comparative genomic analysis of expansin superfamily gene members in zucchini and cucumber and their expression profiles under different abiotic stresses.
    (2021-12-01T00:00:00Z) Arslan, Büşra; İncili, Çınar Yiğit; Ulu, Ferhat; Horuz, Erdoğan; Bayarslan, Aslı Ugurlu; Öçal, Mustafa; Kalyoncuoğlu, Elif; Baloglu, Mehmet Cengiz; Altunoglu, Yasemin Celik
    Zucchini and cucumber belong to the Cucurbitaceae family, a group of economical and nutritious food plants that is consumed worldwide. Expansin superfamily proteins are generally localized in the cell wall of plants and are known to possess an effect on cell wall modification by causing the expansion of this region. Although the whole genome sequences of cucumber and zucchini plants have been resolved, the determination and characterization of expansin superfamily members in these plants using whole genomic data have not been implemented yet. In the current study, a genome-wide analysis of zucchini () and cucumber () genomes was performed to determine the expansin superfamily genes. In total, 49 and 41 expansin genes were identified in zucchini and cucumber genomes, respectively. All expansin superfamily members were subjected to further bioinformatics analysis including gene and protein structure, ontology of the proteins, phylogenetic relations and conserved motifs, orthologous relations with other plants, targeting miRNAs of those genes and in silico gene expression profiles. In addition, various abiotic stress responses of zucchini and cucumber expansin genes were examined to determine their roles in stress tolerance. and from cucumber and from zucchini can be candidate genes for abiotic stress response and tolerance in addition to their roles in the normal developmental processes, which are supported by the gene expression analysis. This work can provide new perspectives for the roles of expansin superfamily genes and offers comprehensive knowledge for future studies investigating the modes of action of expansin proteins.
  • Thumbnail Image
    Item
    Şeker pancarı genomunda bZIP genlerinin biyoinformatik analizleri ve kuraklık - sıcaklık stres koşullarında ifade profilleri
    (2023) Kalyoncuoğlu, Elif
    Lösin fermuar (bZIP) transkripsiyon faktörü ailesi, bitkilerdeki en büyük ve en çeĢitli transkripsiyon faktörü ailelerinden biridir. Bitki büyümesini ve geliĢimini düzenlemesine ek olarak biyotik ve abiyotik streslere yanıtta önemli rol oynamaktadır. ġeker pancarı (Beta vulgaris L.) taksonomik olarak, Amaranthaceae ailesine ve Beta cinsine aittir. Bu çalıĢmada, Ģeker pancarı genomunda 251 adet bZIP geni belirlenmiĢtir. BvbZIP genlerinin kromozomal dağılımları incelendiğinde en çok genin 7. kromozomda yer aldığı görülmüĢtür. Tahmini gen yapısı analizine göre 28 adet BvbZIP geninin intron içermediği saptanmıĢtır. Arabidopsis, soya, çeltik ve kavak bitkilerindeki bZIP genleri ile karĢılaĢtırmalı fiziksel haritalara bakıldığında en çok ortolog gene sahip bitkinin soya olduğu görülmüĢ ve en yakın ayrılma süresi kavak bitkisindeki genler ile belirlenmiĢtir. Ayrıca BvbZIP genleri için filogenetik iliĢkileri, korunmuĢ amino asit motifleri, gen ontolojileri, bZIP genlerini hedefleyen miRNA‘ları, tahmini üç boyutlu yapıları farklı biyoinformatik araçlar kullanılarak belirlenmiĢtir. Bunlara ilaveten, açık veri tabanlarından elde edilen transkriptom verileri kullanılarak bu genlerin farklı koĢullardaki ifade profillerinin incelenmesi yapılmıĢ olup seçilen genler kuraklık toleranslı ve kuraklık hassas Ģeker pancarı çeĢitlerinin yaprak dokularında RT-PZR analizi ile incelenmiĢtir. Yapılan analizler sonucunda Ģeker pancarında BvbZIP-31, BvbZIP-54, BvbZIP-59 ve BvbZIP-63 genlerinin abiyotik stres direncinde rol aldığı düĢünülmektedir. Ayrıca BvbZIP-59 geninin her iki çeĢitte de tüm streslerde ifade seviyelerinin belirgin bir Ģekilde arttığı görülmüĢtür. Böylece 2014 yılında Ģeker pancarının tüm genom dizisi çıkarılmıĢ olsa da Ģeker pancarı genomunda ilk kez bu tez çalıĢması kapsamında bZIP genlerinin belirlenmesi, karakterizasyonu ve sıcaklık, kuraklık, sıcaklıkkuraklık kombine strese karĢı yanıtlarının incelenmesi ve bu stresler altında oluĢan moleküler mekanizmalar hakkında önemli bilgiler elde edilmiĢtir. bZIP gen ailesine ait elde edilen bilgiler ıĢığında, sıcaklık, kuraklık ve kombine stres koĢullarına dayanıklı Ģeker pancarı ve diğer tarım bitkilerinin üretilmesine katkı sağlayacak önemli verilerin elde edileceği düĢünülmektedir.