Browsing by Author "Burcu, Gamze"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 2 of 2
  • No Thumbnail Available
    Pubmed
    Comparative bioinformatics analysis and abiotic stress responses of expansin proteins in Cucurbitaceae members: watermelon and melon.
    (2023-03-01T00:00:00Z) İncili, Çınar Yiğit; Arslan, Büşra; Çelik, Esra Nurten Yer; Ulu, Ferhat; Horuz, Erdoğan; Baloglu, Mehmet Cengiz; Çağlıyan, Ebrar; Burcu, Gamze; Bayarslan, Aslı Ugurlu; Altunoglu, Yasemin Celik
    Watermelon and melon are members of the Cucurbitaceae family including economically significant crops in the world. The expansin protein family, which is one of the members of the cell wall, breaks down the non-covalent bonds between cell wall polysaccharides, causing pressure-dependent cell expansion. Comparative bioinformatics and molecular characterization analysis of the expansin protein family were carried out in the watermelon (Citrullus lanatus) and melon (Cucumis melo) plants in the study. Gene expression levels of expansin family members were analyzed in leaf and root tissues of watermelon and melon under ABA, drought, heat, cold, and salt stress conditions by quantitative real-time PCR analysis. After comprehensive searches, 40 expansin proteins (22 ClaEXPA, 14 ClaEXPLA, and 4 ClaEXPB) in watermelon and 43 expansin proteins (19 CmEXPA, 15 CmEXPLA, 3 CmEXPB, and 6 CmEXPLB) in melon were identified. The greatest orthologous genes were identified with soybean expansin genes for watermelon and melon. However, the latest divergence time between orthologous genes was determined with poplar expansin genes for watermelon and melon expansin genes. ClaEXPA-04, ClaEXPA-09, ClaEXPB-01, ClaEXPB-03, and ClaEXPLA-13 genes in watermelon and CmEXPA-12, CmEXPA-10, and CmEXPLA-01 genes in melon can be involved in tissue development and abiotic stress response of the plant. The current study combining bioinformatics and experimental analysis can provide a detailed characterization of the expansin superfamily which has roles in growth and reaction to the stress of the plant. The study ensures detailed data for future studies examining gene functions including the roles in plant growth and stress conditions.
  • Thumbnail Image
    Item
    Doğu ballıbabası ( wiedemannia orientalis) bitkisinin su ekstraktlarının in vitro sitotoksik potansiyelinin incelenmesi
    (Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022-07) Burcu, Gamze
    Günümüzde bitkilerin biyolojik aktiviteleri üzerine yapılan çalışmalar giderek hız kazanmaktadır. Literatürde Lamiaceae familyasında bulunan Wiedemannia orientalis (Doğu ballıbabası) Fisch. & Mey. türünün biyolojik aktivitelerini irdeleyen detaylı bir çalışma bulunmamaktadır. Bu tez çalışmasında Doğu ballıbabası’nın kök, gövde, yaprak ve çiçek kısımlarından hazırlanan su ekstraktlarının meme kanseri hücre hatlarına karşı sitotoksik, insan patojenlerini temsil eden bakterilere karşı antibakteriyel ve bir takım biyoindikatör suşlara karşı quorum sensing inhibitör etkinliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda ekstraktların MCF-7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücre hatları üzerine sitotoksik etkileri MTT yöntemi ile araştırılmıştır. Antibakteriyel aktivite testleri on Gram-negatif ve üç Gram-pozitif bakteri suşuna karşı sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile incelenmiştir. Ekstraktların anti-QS aktiviteleri ise Chromobacterium violaceum ATCC 12472 suşuna karşı yumuşak agar yöntemi kullanılarak viyolasin pigment inhibisyonu üzerine ve Pseudomonas aeruginosa PAO1 suşuna karşı kristal viyole yöntemi kullanılarak biyofilm oluşumunun inhibisyonu üzerine araştırılmıştır. Ekstraktların MDA-MB-231 hücre hattına karşı önemli seviyede sitotoksik aktivite sergilemediği ancak MCF-7 hücre hattına karşı değişen oranlarda sitotoksik aktiviteye sahip olduğu tespit edilmiştir. Özellikle kök ekstraktının en etkili sitotoksik aktiviteye sahip ekstrakt olduğu gözlenmiştir (IC50=589,3 μg/mL). Buna karşın tüm ekstraktların çalışılan konsantrasyonlarda antibakteriyel aktivite sergilemediği (MİK>500 μg/mL) ve viyolasin pigment üretimini inhibe etmedikleri saptanmıştır. Tüm ekstraktların değişen oranlarda biyofilm oluşumunu inhibe ettikleri özellikle de çiçek ekstraktının biyofilm oluşumunu (%44,5 oranında) en fazla inhibe eden ekstrakt olduğu gözlenmiştir. Bu tez çalışmasından elde edilen bulgular Doğu ballıbabası türünün özellikle kök ve çiçek ekstraktlarının sırasıyla antikanser ve anti-biyofilm ajanlarının geliştirilmesine katkıda bulunacağını göstermektedir.