Browsing by Author "Öçal, Mustafa"

Now showing 1 - 2 of 2

Comparative genomic analysis of expansin superfamily gene members in zucchini and cucumber and their expression profiles under different abiotic stresses.
(2021-12-01T00:00:00Z) Arslan, Büşra; İncili, Çınar Yiğit; Ulu, Ferhat; Horuz, Erdoğan; Bayarslan, Aslı Ugurlu; Öçal, Mustafa; Kalyoncuoğlu, Elif; Baloglu, Mehmet Cengiz; Altunoglu, Yasemin Celik
Zucchini and cucumber belong to the Cucurbitaceae family, a group of economical and nutritious food plants that is consumed worldwide. Expansin superfamily proteins are generally localized in the cell wall of plants and are known to possess an effect on cell wall modification by causing the expansion of this region. Although the whole genome sequences of cucumber and zucchini plants have been resolved, the determination and characterization of expansin superfamily members in these plants using whole genomic data have not been implemented yet. In the current study, a genome-wide analysis of zucchini () and cucumber () genomes was performed to determine the expansin superfamily genes. In total, 49 and 41 expansin genes were identified in zucchini and cucumber genomes, respectively. All expansin superfamily members were subjected to further bioinformatics analysis including gene and protein structure, ontology of the proteins, phylogenetic relations and conserved motifs, orthologous relations with other plants, targeting miRNAs of those genes and in silico gene expression profiles. In addition, various abiotic stress responses of zucchini and cucumber expansin genes were examined to determine their roles in stress tolerance. and from cucumber and from zucchini can be candidate genes for abiotic stress response and tolerance in addition to their roles in the normal developmental processes, which are supported by the gene expression analysis. This work can provide new perspectives for the roles of expansin superfamily genes and offers comprehensive knowledge for future studies investigating the modes of action of expansin proteins.
Farklı metotlar ve çözücülerden elde edilen heracleum humile bitki ekstraktlarının anti-bakteriyel ve sitotoksik aktivitelerinin karşılaştırmalı olarak incelenmesi
(Kastamonu Üniversitesi, 2020) Öçal, Mustafa
Bitkiler gibi doğal kaynaklardan ilaç geliştirme çalışmaları oldukça hız kazanmış durumdadır. Bu anlamda bitkiler ilaç hammadde kaynağı olarak görülmektedir. Bitkilerin çeşitli analizler ile etkinliğinin değerlendirildiği çalışmalarda bu durum araştırılmaktadır. Bu tez çalışmasında, Heracleum humile bitkisinin toprak üstü kısımlarından maserasyon, infüzyon ve ultrasonikasyon yöntemleri ile elde edilen etil asetat, metanol ve su ekstraktlarının etkisi yapılan biyolojik aktivite testleri ile değerlendirilmiştir. Yapılan biyolojik aktivite testleri kapsamında DNA koruma ve antibakteriyel etkiler ile meme kanseri hücre hatları olan MCF7 ve MDA-MB-231 hücreleri üzerindeki sitotoksik aktivite analizleri gerçekleştirilmiştir. Yapılan DNA koruma analizi sonucunda, maserasyon yöntemi ile elde edilen etil asetat ve metanol ekstraktları ile infüzyon yöntemi ile elde edilen su ekstraktının 5 ve 10 mg/mL konsantrasyonlarda zayıf DNA koruma aktivitesi gözlenmiştir. Ultrasonikasyon yöntemi etil asetat, metanol ve su ekstraktlarında DNA koruma aktivitesi görülmemiştir. Antimikrobiyal aktivite 4 Gram (+) ve 6 Gram (-) bakteri üzerinde mikrodilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. Buna göre Minimum İnhibisyon Konsantrasyon (MİK) değerleri ile Minimum Bakterisidal Konsantrasyonlar (MBK) belirlenmiştir. En etkili sonuç, maserasyon yöntemi ile elde edilen etil asetat ekstraktında Proteus vulgaris, Escherichia coli, Serratia marrescens, Pseudomonas aeruginosa ve Salmonella enteritidis ATCC 13076 Gram (-) suşları üzerinde gözlenmiştir. Diğer ekstraktların negatif kontrol ile aynı etkiyi gösterdiği ya da negatif kontrolden daha yüksek konsantrasyonda etki gösterdiği belirlenmiştir. Sitotoksik aktivite analizi MTT testi ile gerçekleştirilmiştir. En etkili sonuçlar; MDA-MB-231 hücre hattı üzerinde 48. saatte ultrasonikasyon yöntemi ile etil asetat ekstraktında (IC50:97,94 µg/mL), ardından MCF-7 hücre hattı üzerinde 24. saatte ultrasonikasyon yöntemi etil asetat ekstraktında (IC50:103,9 µg/mL) ve son olarak MDA-MB-231 hücre hattı üzerinde 48. saatte maserasyon yöntemi ile etil asetat ekstraktında (IC50:116,7 µg/mL) belirlenmiştir. Bulgular, düşük konsantrasyonlarda sitotoksik aktivite gösteren ekstraktlar sayesinde kanser araştırmalarına ışık tutabilir. Bu ekstraktlar için yapılacak in vivo analizler ile canlı sistemdeki etkileri araştırılabilir.