Salatalık Bitkisinde (Cucumis Sativus L.) Isı Şoku Proteini (Hsp) Genlerinin Tanımlanması, Karakterizasyonu Ve Farklı Abiyotik Stres Koşullarında Gen İfadelerinin İncelenmesi

Abstract

Isı şoku proteinleri (heat shock proteins:Hsp), bütün organizmalarda yaygın şekilde üretilen ve hücre gelişimi ve canlılığı için gerekli olan önemli bir protein grubudur. Oldukça korunmuş bu proteinlerin yüksek sıcaklık, değişen pH veya oksijen kıtlığı durumunda ekspresyonlarının arttığı bilinmektedir. Salatalık (Cucucmis sativus L.) Cucurbitacae ailesine ait model bir bitkidir. 2009 yılında salatalık tüm genom dizilimi belirlenmiştir. Tüm genomu içeren çalışmalar çeşitliliğin genetik temelinin ortaya çıkarılması için yeni bakış açıları oluşturabilir. Çalışmamızda salatalığın belirlenen tam genom dizilimleri kullanılarak salatalık Hsp proteinlerinin belirlenmesi ve belirlenen bu proteinlerin, salatalık kromozomları üzerindeki dağılımı, filogenetik ilişkileri, korunmuş aminoasit motifleri, gen ontolojileri, hedef miRNA’ları, tahmini üç boyutlu yapıları, diğer bazı bitkilerdeki Hsp genleri ile karşılaştırmalı fiziksel haritaları, açık veritabanlarından elde edilen transkriptom verileri kullanılarak ekspresyon profilleri ve bu profillere göre seçilenlerin çeşitli abiyotik stres faktörleri altındaki gen ifade düzeylerinin belirlenmesini amaçladık. Bu önemli proteinlerin karakterizasyonunun yapılması ile fonksiyonel çeşitlilikleri hakkında fikir edinilebilecektir. Ayrıca çeşitli abiyotik stres faktörlerine karşı verdikleri yanıt profillerinin belirlenmesi ile stres koşulları altındaki davranışları yorumlanabilecek ve burada etkili moleküler mekanizmalar ile ilgili bilgi sağlanabilecektir.