Şeker Pancarı Genomunda Isı Şoku Protein (Hsp) Ailesi Üyelerinin Belirlenmesi, Karakterizasyonu Ve Kuraklık İle Sıcaklık Kombine Stres Altında Gen İfade Analizlerinin İncelenmesi

Abstract

Heat shock proteins (Hsp) olarak bilinen ısı şoku proteinleri birçok organizmada bulunan ve hücrenin canlılık faaliyetlerini yerine getirmek için gerekli önemli protein ailelerinden biridir. Filogenetik olarak korunmuş olan bu proteinlerin yüksek sıcaklık, değişen pH veya oksijen kıtlığı durumunda hücrelerde miktarının arttığı gözlemlenmiştir. Şeker pancarı (Beta vulgaris L.) Amaranthaceae ailesine ait bir endüstri bitkisidir. 2014 yılında şeker pancarının tüm genom dizilimi belirlenmiştir. Proje önerisinde, şeker pancarı genomunda Hsp gen ve protein dizilerinin belirlenmesi, belirlenen bu proteinlerin, şeker pancarı kromozomları üzerindeki dağılımı, filogenetik ilişkileri, korunmuş aminoasit motifleri, gen ontolojileri, hedef miRNA’ları, tahmini üç boyutlu yapıları, diğer bazı bitkilerdeki Hsp genleri ile karşılaştırmalı fiziksel haritaları, açık veri tabanlarından elde edilen transkriptom verileri kullanılarak bu genlerin ifade profillerinin incelenmesi farklı biyoinformatik yöntemler yardımıyla yapılması amaçlanmaktadır. Ayrıca, transkriptom analizi sonucunda seçilmesi planlanan farklı Hsp genlerinin kuraklık ve sıcaklık kombine strese karşı gen ifade düzeylerinin belirlenmesi planlanmaktadır. Şeker pancarı genomunda bu hayati öneme sahip gen ailesinin belirlenmesi sayesinde, genlerin fonksiyonları ve kuraklık ile sıcaklık kombine stres altında verdikleri cevaplar hakkında kıymetli bilgilerin elde edilmesi sağlanacaktır. Ayrıca bu elde edilen verilerin, abiyotik streslere dirençli bitki üretimi çalışmalarına ve bu stresler altında oluşan moleküler mekanizmaların belirlenmesi ile ilgili çalışmalara ışık tutacağı düşünülmektedir.