Karpuz Bitkisinde (Citrullus Lanatus) Bulunan Bzıp Trasnkripsiyon Faktör Genlerinin Biyoinformatik Yöntemlerle Tanımlanması Ve Kuraklık Stresi Altında Gen İfadelerinin İncelenmesi

Abstract

Karpuz (Citrullus lanatus) dünya genelinde tüketilen önemli gıdalardandır ve Cucurbitaceae ailesi içerisinde yer almaktadırlar. Cucurbitaceae ailesi, cinsiyet belirlenmesi çalışmaları ile odun ve soymuk boruları kullanılarak uzun mesafeli sinyal olaylarını kapsayan vasküler biyoloji çalışmaları için bir model sistem oluşturmaktadır. 2013 yılında ise karpuzun tam genom dizileri yayınlanmıştır. Bitkilerde bZIP transkripsiyon faktörleri ışık ve stres sinyali iletiminde, tohum olgunlaşmasında, patojen savunmasında ve çiçek gelişimi gibi faliyetlerin regülasyonundan sorumludur. Ayrıca, yapılan çalışmalarda bZIP proteinlerinin özellikle kuraklık, soğuk ve tuz stresi altında abiyotik stres toleransı ile bağlantılı olduğu ortaya çıkarılmıştır. Tüm genom dizileri belirlenmiş olmasına rağmen karpuzda bu veriler kullanılarak yapılan gen tanımlamaları ve onların biyoinformatik yöntemler kullanılarak karekterizasyon çalışmaları sınırlıdır. Bu bakımdan karpuz genomunda bZIP proteinlerinin tanımlanması ve ekspresyon analizleri bu proteinlerin olası rolleri de göz önüne alındığında önemli çalışma konularından birini oluşturmaktadır. Bu çalışmada ilk olarak karpuz bitkisinde bZIP protein ailesi üyelerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Daha sonra, biyoinformatik yöntemler kullanılarak bu genlerin genomdaki dağılımı, korunmuş motiflerinin tanımlanması, tahmini üç boyutlu yapılarının incelenmesi ve diğer bitki türlerinde bulunan bZIP proteinleri ile karşılaştırılması yapılacaktır. Son olarak karpuz bitkisinde belirlenen bZIP genlerinin kuraklık stresi altında ifade seviyeleri incelenecektir. Böylece bu önemli gen ailesinin karpuzda fonksiyonlarının çözümlenmesinde değerli bilgilerin ortaya çıkarılması beklenmektedir. Ayrıca yeni bZIP genlerinin tespit edilmesi, kuraklık stres direnci gösteren bitkilerin geliştirilmesine de olanak sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: : Karpuz, bZIP Trasnkripsiyon Faktör Genleri, Biyoinformatik analizler, Kuraklık stresi, Gen ifade analizi