Anadolu Karaçamı Varyetelerinin Bazı Kloroplast Dna Bölgeleri Kullanılarak Filogenetik Analizi

Abstract

Taksonomik çalışmalarda morfolojik karakterlerin kullanılmasının sebebi, pratik olması ve teknik ekipman açısından büyük bir alt yapıya ihtiyaç duyulmamasından kaynaklanmaktadır. Vejetatif ya da generatif organların morfolojilerine dayanan taksonomik araştırmalar son yıllarda histolojik (doku analizi) sitolojik (karyotip analizleri), palinolojik (polen analizleri), kemotaksonomik (biyokimyasal analizler) ve moleküler (Protein ve DNA analizleri) araştırmalarla desteklenmektedir. “Türkiye Florası”nda karaçamın güncel sistematik konumu “Pinus nigra subsp. nigra var. caramanica” şeklindedir. Ancak Anadolu’da morfolojik açıdan birbirinden farklı kesikli olarak yayılış gösteren 5 varyete çeşitli araştırmacılar tarafından tanımlanmaktadır.

Bu çalışmada bazı kloroplast DNA bölge dizi analizleri temelinde Türkiye’de yayılış gösteren karaçam varyeteleri (Pinus nigra J.F. Arnold subsp. pallasiana (Lamb.) Holmboe var. pallasiana (Lamb.) Holmboe (Anadolu Karaçamı), Pinus nigra J.F. Arnold subsp. pallasiana (Lamb.) Holmboe var. pyramidata (Acatay) Yalt. (Ehrami Karaçamı), Pinus nigra J.F. Arnold subsp. pallasiana (Lamb.) Holmboe var. seneriana (Saatçioğlu.) Yalt. (Ebe Karaçamı), Pinus nigra J.F. Arnold subsp. pallasiana (Lamb.) Holmboe var. yaltırıkiana Alptekin (Büyük Kozalaklı Karaçam), Pinus nigra J.F. Arnold subsp. pallasiana (Lamb.) Holmboe var. columnaris-pendula Boydak (Sütun Gövdeli Sarkık Dallı Karaçam)) kullanarak bir filogenetik ağaç oluşturmak amaçlandı. Bunun için arazi çalışması ile karaçam varyetelerinin yayılış gösterdiği bölgelerinden toplanan taze karaçam yaprak örneklerinden DNA izolasyonu yapılarak -80°C’de saklanacaktır. Literatür taraması yapılarak karaçam türlerinin analizinde sıklıkla kullanılan kloroplast DNA bölgeleri saptanacak, uygun primerler seçilerek bu bölgelerin PZR (polimeraz zincir reaksiyonu) ile çoğaltılması için optimum koşullar belirlenecektir. Daha sonra uygun bilgisayar programları kullanılarak bu bölgelerin DNA dizi analizi sonuçları ve veritabanlarındaki karaçam türlerine ait seçilen kloroplast DNA bölgeleri referans DNA dizilimleri de alınarak karşılaştırılıp filogenetik ağaç elde edilecektir. Proje süresi 20 ay olarak hedeflenmektedir.

Çalışmamız ile Anadolu’da yayılış gösteren karaçam varyetelerinin moleküler düzeyde analizi yapılarak bitki sistematiğine katkı sağlanması hedeflenmiştir. Ayrıca elde edilecek araştırma sonuçları coğrafi açıdan ülkemize yakın yayılış gösteren türlerin varolan referans dizileriyle de karşılaştırılarak akrabalık ilişkileri ortaya çıkarılacaktır.

Anahtar Kelimeler: Karaçam varyeteleri, Filogenetik analiz, Kloroplast DNA, Türkiye Florası