Isı Şoku Protein (Hsp60/Hsp100/Shsp: Heat Shock Protein) Genlerinin Populus Taksonlarında Tanımlanması, Biyoinformatik Analizleri Ve Tuzluluk Stresi Altında Gen İfade Seviyelerinin Belirlenmesi

Abstract

Isı şoku proteinleri (HSPs: Heat Shock Proteins), canlı organizmalarda bulunan bir grup protein ailesidir ve aynı zamanda literatürde stres proteinleri olarak da isimlendirilmektedir. Isı şoku protein genleri stres anında örneğin tuzluluk, kuraklık ve ekstrem sıcaklık değişimlerinin düzenlenmesinde anahtar bir rol üstlenmektedirler.

Bu araştırma projesinde; HSP60/HSP100/sHSP protein ailesi üyelerinin biyoinformatik yöntemler kullanılarak genomdaki dağılımı, korunmuş motiflerin tanımlanması, tahmini üç boyutlu yapılarının incelenmesi ve diğer bitki türlerinde bulunan HSP60/HSP100/sHSP proteinleri ile karşılaştırılması hedeflenmiştir. Bunun yanında veri tabanlarından (Gene Expression Omnibus; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo veya The Sequence Read Archieve (SRA); http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) HSP60/HSP100/sHSP proteinlerini kodlayan genlerin ifade seviyeleri araştırılacaktır. Son olarak Kavak’ta belirlenen HSP60/HSP100/sHSP genlerinin tuzluluk stresi altında ifade seviyeleri incelenecektir. Böylece bu önemli gen ailesinin fonksiyonlarının çözümlenmesine ve tuzluluk stresine karşı direnç gösteren bitkilerin geliştirilmesine olanak sağlanacaktır. Ayrıca, çalışma kapsamında belirlenen genlerin ıslah çalışmalarında biyo-belirteç olarak kullanılması ön görülerek gen kaynaklarımızın korunması noktasında dayanıklı ormanlar geliştirmeyi sağlayacaktır. Bunun yanında bitkilerde stres toleransını geliştirmeye yönelik daha sonraki çalışmalarda kullanılabilecek klonlama ve fonksiyonel analizler için de yeni imkanlar sağlamaktadır. Bu sayede bitkiler de stres ile ilgili moleküler mekanizmalar hakkında ön bilgiler edinilmiş olacak ve bu da yeni projelerin üretilmesine olanak sağlayacaktır.

Sonuç olarak bu gen ailesinin tanımlanması ile hızlı gelişen ve Türkiye odun hammaddesi açığının kapatılmasında önemli bir tür olan kavak için strese karşı toleransın geliştirilmesi açısından ve genom analizleri tamamlanan diğer orman ağaçları için de gelecek çalışmalara yeni bir perspektif sağlanacaktır.