Üçlü Negatif Meme Kanserinde Rassf1a Geni Promotor Metilasyon Düzeyinin Belirlenmesi

Abstract

Sporadik insan malignansilerinde RASSF1A en sık metilasyona uğrayan tümör supresör genlerden biridir. Pek çok farklı malignanside, yüksek frekansta RASSF1A promotör hipermetilasyonu bildirilmiştir. RASSF1A hipermetilasyon frekansı tümör dokuda %99’a varan oranlarda bulunurken, normal çevre dokuda %0 olduğu görülmektedir. Yüksek frekansta RASSF1A promotör metilasyonu kanser patogenezi ve daha agresif klinik fenotiple birliktelik göstermektedir.Triple negatif meme kanseri, diğer meme kanserlerine göre daha agresif fenotip göstermektedir ve literatür incelendiğinde RASSF1A promotör hipermetilasyonunun meme kanseri tümörogenezinde etkili olduğu yönünde güçlü bulgular görülmektedir. Bunlar bir arada düşünüldüğünde, RASSF1A metilasyon durumu, kanser risk ve prognozu için, klinik değerlendirmede iyi bir potansiyel biomarkır olabilir.

Biz bu çalışmada RASSF1A geninin promotör bölge metilasyon durumunu İstanbul Bilim Üniversitesi Gayrettepe Florence Nightingale Hastanesi Patoloji bölümü arşivinde bulunan parafine gömülü üçlü negatif meme kanserli 30 kişiye ait tümör dokusu ve 30 kontrol dokusunda DNA izolasyonunu takiben MALDI-TOF yöntemiyle belirleyeceğiz. DNA izolasyonunu takiben, metilasyon çalışması için Bisülfit uygulaması yapılacaktır. İndüklenen dizi değişiklikleri korunarak T7-promoter tag içeren primerler ile PCR amplifikasyonu gerçekleştirilip, SAP (shrimp alkaline phosphatase) uygulamasından sonra ,enzimatik baz spesifik bölünmeye tabi tutulacak transkripti oluşturmak için in vitro transkripsiyon gerçekleştirilecektir. Bisülfit uygulamasıyla meydana gelen dizi farkından dolayı, fragmentler farklı boyut ve kütlede olacaklardır. Analiz edilen fragmentlerin kütleleri MALDI-TOF MS ile belirlenerek EpiTYPER yazılımı ile otomatik olarak raporlanacaktır.