İdrar yolu enfeksiyonundan izole edilen patojenik Escherichia coli bakteri suşlarının antibiyotik direncinin ve genetik özelliklerinin belirlenmesi - Alzubaidi, Osamah Faisal Kokaz (Kastamonu Üniversitesi, 2023)
İdrar yolu enfeksiyonunda patojenik Escherichia coli suşlarının antibiyotik direnci ve genetik özelliklerinin belirlenmesinde toplanan 30 idrar örneğinin %66,66 oranında kadınlardan, %33,33 oranında ise erkeklerden üro-patojenik E. coli izole edilmiştir. Örneklerden elde edilen 30 izolatın %73,30 oranındaki kısmı iki ila on üç antibiyotiğe karşı direnç göstermiştir. Yapılan antibiyogram tesitinde izolatların sırasıyla trimetoprim+sülfametoksazole (17) %56,66 oranında, siprofloksasin ve gentamisine (14) %46,66 oranında ve ampisilin/sulbaktam ve sefiksimin (9) %30,00 oranında direnç gösterdiği belirlenmiştir. Bunun yanı sıra ertapeneme 93,33 oranında, imipeneme %96,33 oanında ve meropeneme ise %100 oranında hassas oldukları belirlenmiştir. Resistans geliştirdiği tespit edilen 5 suşun tüm genom dizileme (WGS) düzeneği, izolat 1 için 5,24 Gbp, izolat 2 için 5,20 Gbp izolat 3 için 5,25 Gbp, izolat 4 için 5,25 Gbp ve izolat 5 için 5,36 Gbp olarak bulunmuştur. Seçilen bu 5 dirençli suş içindeki direnç genlerini araştırmak için, web tabanlı platform verileri birden çok sınıfa ait 19 direnç geni göstermiştir. Bunlardan β-laktamaz (blaTEM-1B, blaCTX-M-15 ve blaOXA-1) çeşitli nesillerde sefalosporinlere karşı dayanıklı bulunmuştur. sul1, sul2, dfrA17 ve dfrA14 genleri trimetoprim+sülfametoksazole karşı, aph(3”)-Ib, aph(3”)-Ia, aph(6)-Id, aac(3)IId, aac(3)IIe, aac(6)-Ib-cr, aadA5 genleri aminoglikozidlere karşı, tet(B) ve tet(A) genleri tetrasiklinlere karşı, catA1 geni kloramfenkole karşı, qnrS1 florokinolonlara karşı ve mph(A) geni makroliglere karşı dirence sahip bulunmuştur. Florokinolonlar, gyrA, parC ve parE genlerindeki nokta mutasyonlarını kaçırmışlardır. Bu çalışmaya dahil edilen virülans faktör genleri (VF) bakımından izolat 1, %17,85 oranında, izolat 2 %15,47 oranında ve izolat 3 %14,28 oranında insidansa saip bulunmuştur. İzolat 4 %25 oranında, izolat 5 ise en yüksek insidans oranı ile %27,38 olarak bulunmuştur. İzolatların VF kategorisi; adhesins 12, demir alım sistemi 9, koruma ve istila, toksin 4 ve muhtelif protein 7 olarak dağıtılmıştır. Filogruplar dört ana türde sınıflanmış olup; izolat 1 ve izolat 4 B1 ve B2 olurken izolat 2, izolat 3 ve izolat 5 grup D’de aynı filogenetik grupta yer almışlardır.
Determination of antibiotic resistance and genetic properties of pathogenic Escherichia coli bacterial strains isolated from urinary tract infection
Keywords: Escherichia coli, antibiyotik direnci, genetik varyasyon, genom analizi