Browsing by Author "Yücel, Meral"

Now showing 1 - 8 of 8

Assessment of Conditions Influencing Agrobacteriummediated Transient Expression of uidA Gene in Leaf Disks of Sugarbeet (Beta vulgaris)
(Assessment of Conditions Influencing Agrobacteriummediated Transient Expression of uidA Gene in Leaf Disks of Sugarbeet (Beta vulgaris) Journal of Genetics and Molecular Biology, 2007) Öktem, Hüseyin Avni; Yücel, Meral
Optimum Agrobacterium-mediated transformation condition on sugarbeet (ELK345) leaf disks were examined in this study. Parameters are “vacuum infiltration, different bacterial growth medium, inoculation time with bacteria, treatment bacterial strains (EHA105, LBA4404 and GV2260) and L-cysteine in co-cultivation medium” that were studied for optimization. After 3 days, effect of these parameters on transformation was evaluated by histochemical GUS assays. Leaf disks on blue spots were quantitatively analyzed by Zeiss® KS300 image analysis platform. Transient gene expression was enhanced upto 3 fold both by vacuum infiltration at 400 mmHg and Agrobacterium strain GV2260. Selection schemes using phosphinotricin or kanamycin as selective agents were also assessed. Medium containing 150 mg/l kanamycin or 3 mg/L phosphinotricin (PPT) totally inhibited the shoot regeneration. These transformation and selection procedure may be amenable to genetic transformation and may provide a valuable tool in sugarbeet improvement programs.
Cloning of Wheat (Triticum Aestıvum) Tanach 69-1 Gene and Transformation of Wheat Inflorescence by Particle Bombartment
(METU, 2009) Baloğlu, Mehmet Cengiz; Kalemtaş, Gülsüm; Eroğlu, Ayten; Battal, Abdülhamit; Öktem, Hüseyin Avni; Yücel, Meral
Effect of drought stress on the antioxidant systems of two sunflower (Healintus annuss) cultivars
(ESCPB, 2006) Kavas, Musa; Kalemtaş, Gülsüm; Akcay, Ufuk C.; Bayrak, Abdullah T.; Özgür, Ebru; Baloğlu, Mehmet Cengiz; Ercan, Oya; Yücel, Meral; Öktem, Hüseyin Avni
Farklı Sıcaklık Uygulamalarının Türk Mercimek Çeşitlerinde Antioksidan Korunma Sistemi Üzerine Etkileri
(Türk Biyokimya Dergisi, 2010) Baloğlu, Mehmet Cengiz; Ercan, Oya; Kalman, Özge; Yaşar, Osman; Öktem, Hüseyin Avni; Yücel, Meral
Mercimek, yüksek protein, folik asit ve lif içeriğiyle insan beslenmesinde oldukça önemli bir yer tutar. Türkiye dünyada mercimek üretiminde ilk sıralarda yer almakta ve ülke tüketimi için de yüzyıllardır tarımı yapılmaktadır. Kurağa ve yüksek sıcaklıklara oldukça toleranslı olmasına rağmen büyüme sezonunda orta seviyede neme ihtiyaç duyar. Türkiye’de mercimek üretimi Doğu, Güneydoğu ve İç Anadolu bölgelerinde yapılmaktadır. Bu çalışmada yazlık (Meyveci) ve kışlık (Kafkas) olmak üzere iki mercimek çeşidinin farklı sıcaklıklarda gösterdikleri büyüme geriliği, oksidatif hasar ve antioksidan tepki karşılaştırıldı. 9 günlük mercimek tohumları farklı sıcaklık uygulamalarına (25 ˚C, 35˚C ve 40˚C )2 gün maruz bırakıldı ve çeşitli fizyolojik ve biyokimyasal parametrelerde meydana gelen değişimler incelendi. Kafkas çeşidi yüksek sıcaklıklarda su kaybı gösterirken yazlık çeşit meyvecide önemli bir değişiklik gözlenmedi. 2 gün boyunca 40 ˚C uygulaması iki çeşitte de gövdede büyüme geriliğine sebep olurken, kökte anlamlı bir değişim meydana gelmedi. İyon sızıntısı ve lipid peroksidasyonu sonuçlarının gösterdiği gibi 40˚C uygulaması, meyvecide daha belirgin olmak üzere, iki çeşitte de hücre zarı hasarına sebep oldu. Yüksek sıcaklıklara maruz bırakılma nedeniyle önemli miktarda biriken prolin, Kafkas türünde daha az belirgin görülen membran hasarına sebep gösterilebilir. Askorbat peroksidaz (APX) ve Katalaz (KAT) enzimlerinin antioksidan aktivite ölçümleri iki çeşitte de benzer sabitlikte bir profil çizmiştir. Bu durum bazı ozmokoruyucu moleküllerin ve enzimatik olmayan antioksidan moleküllerin yüksek sıcaklıklarda antioksidan savunma sisteminde daha önemli rollerinin olabileceğini düşündürmektedirler.
Molecular Cloning and Characterization of Ubiquitin Conjugating Enzyme (E2) from melon (Cucumis melo L.) and Evolutionary Relationships among E2s in Plants
(HIBIT 2010 The Fifth International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, 2010) Baloğlu, Mehmet Cengiz; Zakharov, Florence Negre; Öktem, Hüseyin Avni; Yücel, Meral
Optimization of yeast (Saccharomyces cerevisiae) RNA isolation method for real-time quantitative PCR andmicroarray analysis
(African Journal of Biotechnology Vol. 11(5), pp. 1046-1053, 16 January, 2012, 2012) Yılmaz, Remziye; Akça, Oya; Baloğlu, Mehmet Cengiz; Öz, Mehmet Tufan; Öktem, Hüseyin Avni; Yücel, Meral
Quality of the starting RNA is indispensably important for obtaining highly reproducible quantitative polymerase chain reaction (qPCR) and microarray results for all organisms as well as S. cerevisiae. Isolating RNA from yeast cells with a maximum quality was especially critical since these cells were rich in polysaccharides and proteins. The method has been optimized through modification pretreatment applications for the isolation of S. cerevisiae RNA for qPCR and microarray analysis. Two extraction assay a TRIzol reagent-based method with three pretreatment applications and a commercially available kit with own pretreatment application, were compared for this purpose. Furthermore, the concentration yeast cells and enzyme were controlled in the range of 2 × 106 to 6 × 107 cells and 0.5 to 5 mg/ml, respectively to prevent RNA yields decrease and RNA degradation. Results of RNA isolation of the middle scales of yeast cells and enzyme concentrations which obtained fluxional deduct were not discussed here. Concentration and integrity of RNA samples were determined by μL spectrophotometer and Bioanalyzer, respectively. Quality of cDNA prepared from RNA samples was inspected with amplification using 18SrRNA primers in qPCR reactions. Furthermore, quality of RNA samples were evaluated using quality control parameters associated with performance of the assay and hybridization in microarray experiments. The highest yield and quality of RNA, which was appropriate for reverse transcription, cDNA library construction, qPCR reactions and microarray hybridizations without further processing was obtained by using Protocol C which used highest yeast cell and enzyme concentrations during the pretreatment application.
Optimization of yeast (Saccharomyces cerevisiae) RNA isolation method for real-time quantitative PCR andmicroarray analysis
(African Journal of Biotechnology Vol. 11(5), pp. 1046-1053, 16 January, 2012, 2012) Yılmaz, Remziye; Akça, Oya; Baloğlu, Mehmet Cengiz; Öz, Mehmet Tufan; Öktem, Hüseyin Avni; Yücel, Meral
Quality of the starting RNA is indispensably important for obtaining highly reproducible quantitative polymerase chain reaction (qPCR) and microarray results for all organisms as well as S. cerevisiae. Isolating RNA from yeast cells with a maximum quality was especially critical since these cells were rich in polysaccharides and proteins. The method has been optimized through modification pretreatment applications for the isolation of S. cerevisiae RNA for qPCR and microarray analysis. Two extraction assay a TRIzol reagent-based method with three pretreatment applications and a commercially available kit with own pretreatment application, were compared for this purpose. Furthermore, the concentration yeast cells and enzyme were controlled in the range of 2 × 106 to 6 × 107 cells and 0.5 to 5 mg/ml, respectively to prevent RNA yields decrease and RNA degradation. Results of RNA isolation of the middle scales of yeast cells and enzyme concentrations which obtained fluxional deduct were not discussed here. Concentration and integrity of RNA samples were determined by µL spectrophotometer and Bioanalyzer, respectively. Quality of cDNA prepared from RNA samples was inspected with amplification using 18SrRNA primers in qPCR reactions. Furthermore, quality of RNA samples were evaluated using quality control parameters associated with performance of the assay and hybridization in microarray experiments. The highest yield and quality of RNA, which was appropriate for reverse transcription, cDNA library construction, qPCR reactions and microarray hybridizations without further processing was obtained by using Protocol C which used highest yeast cell and enzyme concentrations during the pretreatment application.
Sıcaklık Stresinin Kavunda Isı Şoku Protein Genlerinin (Hsp1-Hsp2) İfadesi Üzerine Etkileri ve Proteome Analizleri
(Türk Biyokimya Dergisi, 2009) Baloğlu, Mehmet Cengiz; Karaca, Samir; Öktem, Hüseyin Avni; Yücel, Meral
Oksidatif stres mide kanseri oluşumunda önemli rol oynamaktadır. Ancak gastrik kanserlerde oksidatif strese bağlı moleküler değişimler henüz açığa çıkmamıştır. Matriks metalloproteinazlar (MMP) ekstrasellüler matriksi parçalayarak kanser hücrelerine invaziv özellik kazandırıp onları daha da agresif hale getirmekle bilinirler ayrıca kendi içlerinde regüle edildikleri de bilinmektedir. Biz de bu çalışmada H2 O2 nin mide kanserli hücre hatlarının invazyonuna etkisini araştırıp, RNA müdehalesi (siRNA) tekniği ile ilk defa gastrik kanserlerde MMP-3 genini susturarak diğer MMPleri ekspresyon düzeyinde ne yönde etkilendiğini gösterdik. Öncelikle daha agresif olduğu bilinen AGS hücrelerinin, H2 O2 muamelesi sonucu MKN-45 ve 23132/87 hücrelerine göre daha invaziv olduğu gösterildi. Buna paralel olarak MMP gen ifadesi açısından incelediğimizde çalışılan 17 MMP geninden 12 tanesinin AGS’de ifade edildiği tespit edildi. Öte yandan az faklılaşmış ve difüz tip gastrik kanser orijinli hücreler olan MKN-45’de 10 MMP’geni, 23132/87’de ise sadece 5 tane MMP geninin ifade olduğu görülmektedir. MMP’ler içerisinde sadece AGS hücresinde ifade olan ve daha çok agresifliğe yol açtığı düşünülen MMP-3 genine özgü bir RNA susturumu gerçekleştirilmiştir. MMP genlerinin ifadesinde azalış ve artışlar görülmüştür. MMP3’ün susturulması MMP-15’in ifadesini azaltırken, MMP10 ifadesini arttırmıştır. Dolayısı ile pek çok kanser türünde olduğu gibi ileri gastrik kanserde de MMP-3, diğer MMP genlerinin ifadesini etkilemesi bakımından önemli bir makır gen olmaktadır.